Öncelikle makalemizi değerlendirdiği için yazara teşekkür ederiz.1 Hem yazar tarafından hem de yazımızda belirtildiği üzere Forkhead box P3 (FOXP3) geni X kromozomu üzerinde yer almaktadır. Bildiğimiz kadarıyla, literatürdeki on farklı çalışmada, FOXP3 polimorfizmleri ile Graves hastalığı (GH) gelişimi arasındaki ilişki araştırılmıştır.2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 Bu raporlardan yedisi her iki cinsiyeti bir arada değerlendirerek genotip ve allel frekanslarını sunmuş,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 ve geri kalan çalışmalar ise hastaları cinsiyete göre gruplandırarak genotip ve allel frekanslarını kadınlar ve erkekler için ayrı ayrı bildirmiştir.9, 10, 11 Makalemizde, Türk popülasyonunda oftalmopati görülen ve görülmeyen GH’de FOXP3 polimorfizmlerinin frekanslarını değerlendirmeyi amaçladık.1 Çalışmamızda her gruptaki hasta sayısı sınırlı olduğu ve daha önce yayımlanan makalelere herhangi bir düzeltme olmadığı için,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 grupları cinsiyete göre sınıflandırmadık ve polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi (PCR-RFLP) sonuçlarını doğrudan genotip ve allel frekanslarını analiz etmek için kullandık.1 PCR-RFLP yönteminde, sonuçlar bant paternleri şeklinde görünür ve bu paternler, örnekte ilgili genin bir veya iki allele sahip olup olmadığını göstermezler. Ek olarak, aynı analiz yöntemini kullanarak, sonuçlarımızı grupları cinsiyete göre sınıflandırmayan yedi raporla karşılaştırma imkanı bulduk.
Ancak, yazarın belirttiği gibi, erkekler bir ve kadınlar iki X kromozomuna sahip olduğundan, genotip paternleri iki cinsiyet arasında farklılık göstermektedir. Kadınlarda üç genotip (iki homozigot ve bir heterozigot), erkeklerde ise sadece iki hemizigot genotip bulunmaktadır. Bu nedenle, grupların cinsiyete göre sınıflandırılması ve X’e bağlı genler için kadın ve erkeklerde ayrı ayrı genotip ve allel frekanslarının hesaplanması yararlı olacaktır. Ayrıca yazar mektubunda Hardy-Weinberg dengesine (HWD) dayalı gözlenen ve beklenen genotip frekans değerlerinin karşılaştırılmasının önemini vurgulamış ve X’e bağlı polimorfik lokus için formülünü açıklamıştır. Yazar tarafından bildirilen endişelere yanıt vermek adına, bu yanıtta, Tablo 1, 2, 3 ve 4’te gösterildiği gibi grupları cinsiyete göre sınıflandırarak ek analizler yaptık.
İlk olarak, yazarın önerdiği gibi hem kontrol hem de çalışma gruplarında HWD analizi yaptık. Gözlenen genotiplerin frekansları, kadın kontrol gruplarındaki tüm tek nükleotit polimorfizmleri (TNP) için HWD’ye göre beklenen genotip frekanslarından anlamlı farklı değildi (rs3761547, p=0,926; rs3761548, p=0,881; ve rs3761549, p=0,926).
İkinci olarak, gruplar cinsiyete göre sınıflandırıldığında, kadın çalışma grubumuzda -3279’un (rs3761548) AC ve AA genotipleri ve -2383’ün (rs3761549) CT genotipinin sıklığının anlamlı düzeyde arttığını bulduk (Tablo 1). Ek olarak, -3279 A alleli, hem kadın (Tablo 1) hem de erkek çalışma gruplarında (Tablo 3) ayrı ayrı karşılaştırıldığında veya cinsiyetten bağımsız olarak kontroller ve hastalar arasında karşılaştırıldığında (Tablo 4) anlamlı düzeyde artmıştır. T alleli -2383 frekansı, ayrı ayrı karşılaştırıldığında kadın çalışma grubumuzda (Tablo 1) ve cinsiyetten bağımsız olarak karşılaştırıldığında tüm çalışma örnekleminde anlamlı düzeyde artmıştır (Tablo 4). Ancak ayrı ayrı karşılaştırıldığında T alleli -2383 frekansı erkek çalışma grubumuzda anlamlı artış göstermemiştir (Tablo 3). Polimorfizm -3449 (rs3761547) allel ve genotip frekans dağılımı, kontrol ve çalışma grupları arasındaki herhangi bir karşılaştırmada anlamlı farklılık göstermedi (Tablo 1, Tablo 3 ve Tablo 4).
Üçüncü olarak, üç FOXP3 TNP’sinin her birinin Graves oftalmopatisi (GO) görülen ve oftalmopati görülmeyen (GO görülmeyen) GH’li kadın hastalar arasındaki genotip ve allel dağılımları karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu (Tablo 2).
Sonuç olarak, yayımlanan makalemizdeki sonuçlar ile katılımcıları cinsiyete göre gruplandırarak yapılan analiz sonuçları benzerdi. Ancak, yazarın mektubunda vurguladığı gibi, X-kromozomundaki polimorfik lokuslar, otozomal kromozomlardaki lokuslardan farklı olarak analiz edilmelidir. Bu nedenle, yazmış olduğu mektup ve ona yanıtımız, X’e bağlı polimorfik lokuslarla ilişkileri araştıracak araştırmacılar için yararlı olacaktır.